La historia de la comunidad de El Peñol se narra desde 1.654, cuando los sacerdotes del entonces Cantón de Marinilla, tuvieron noticias de la presencia de algunos colonos que subsistían en precarias condiciones, al extremo oriente de sus jurisdicción, para quienes se dio alguna atención espiritual de manera esporádica, por parte de éstos.
Por esta época se presenta en la región el Misionero Fray Miguel de Castro y Rivadeneira, oriundo de Galicia España, quien fue enviado a recoger
unas limosnas para el sostenimiento de los lugares santos y quien enterado de esta particular circunstancia llegó hasta el sitio conocido como El Zacatín, donde compadecidos de estos nativos, reunió todos los que más pudo y solicitó autorización al Rey de España, para formar un resguardo indígena con el fin de protegerlos en sus derechos y enseñarles la fé católica. Esta solicitud fue aceptada y el 28 de abril de 1.666 elaboró un primer censo; en él se registraron 101 indígenas procedentes de Quinchía (ciudad del departamento de Caldas), Quito (Capital de la República del Ecuador), Lumbo (hoy Yumbo del departamento del Valle), San Lorenzo del Aburrá (hoy Medellín) y varias familias Tahamíes, quienes estaban dispersas en lo que hoy es el Oriente y el Nordeste antioqueño.
De todo lo anterior dan fe los archivos históricos y las traducciones de los cronistas existentes del Museo Histórico de El Peñol. Este resguardo creció hasta tener más de 2.000 indígenas; se denominó Resguardo Indígena de El Peñol y fue el que más prosperó de los nueve de ellos existentes en Antioquia. Hacia principios del siglo XVIII llegó a esta región el auge de los “mazamorreros o buscadores de oro de río”, quienes se instalaron a escasos dos kilómetros al norte del resguardo y a orillas del Río Nare.
Los indígenas en su condición de pacíficos, aprendieron esta técnica de laboreo y la introdujeron entre sus costumbres económicas, junto con la ganadería y la agricultura que de tiempo atrás ya venían desempeñando. Fue entonces cuando se decidió trasladar el Resguardo a este nuevo sitio de laboreo, entre otras razones porque en el primer sitio sus chozas se inundaban constantemente por las grandes crecientes del río. En estas condiciones se hizo entonces la fundación de San Antonio de Remolino de El Peñol en 1.714; la erección como Municipio y Parroquia se llevó a cabo en 1.774 por decreto del Gobernador Juan Jerónimo de Enciso y se nombró como primer párroco a Hermeregildo Leonín de Estrada, quien luchó incansablemente desde su labor pastoral por los derechos de los indios cargueros, llegando a hacer importantes denuncias sobre los malos tratos a que eran sometidos.
La vida del siglo XIX en El Peñol transcurrió con todas las incidencias propias del acontecer del país: varios hijos de este municipio viajan hasta Boyacá para ponerse a órdenes de Bolívar en la gran Batalla de la Independencia; luego se ordena la disolución del Resguardo y la repartición de tierras a los nativos.
Posteriormente y lograda la independencia, los indios de El Peñol se niegan a ser libres, aduciendo su incapacidad de pagar tributos. En 1.829 el General José María Córdoba en su campaña contra el régimen de Bolívar, hace presencia en este Municipio y luego de pasar por Marinilla recluta más Hombres hasta sumar 400 para lograr este objetivo. Coordina desde la plaza de El Peñol, la construcción de unas trincheras en Alto Páramo en Guatapé, desde donde atacaría al ejército de 800 hombres enviados por Bolívar.
En 1.851 el Presidente Tomás Cipriano de Mosquera aceptó una solicitud de los vecinos de la vereda La Chapa del Municipio de San Vicente y uno de esos territorios fue anexado a la jurisdicción de El Peñol. Posteriormente este mismo militar, convierte este municipio en Distrito; crea el Batallón Jiménez y pone bajo la jurisdicción de El Peñol, la Aldea de Guatapé y los territorios de San Carlos y San Rafael, entre otros. Esta región sufrió enormemente las epidemias del siglo XIX, lo que llegó a disminuir grandemente la población.
En 1.852 hizo presencia en este Municipio el pintor Inglés Henry Price, expedicionario de la Comisión Corográfica de Agustín Codazzi, quien realiza la
pintura que hoy se conoce como la más antigua de El Peñol y que contiene un paisaje presidido por una capilla pajiza o templo doctrinero con su clásico frontis en forma de espadaña. Ya en 1.821 había nacido en la Chapa quien fuera Monseñor José Vicente Arbeláez, el más alto prelado de la Iglesia Católica Colombiana y quien sufrió varias persecuciones por parte del General Mosquera, en su afán de desamortizar todos los bienes de la Iglesia. 
El siglo XX se inicia con la obra del Presbítero José Dolores Giraldo, oriundo de El Santuario, quien trata de trasladar el poblado para la vereda El Marial, encantado de las dos rocas yuxtapuestas, que hoy se conocen como Piedra de El Marial, pero antes con los nombres de Piedra Gorda y Dos cabezas. Las define como una maravilla de la naturaleza y realiza allí varias oraciones propias de la vida ascética que tanto lo caracterizó, viendo en sueños a la Virgen de la Divina Pastora a quien le promete construirle un templo y un poblado con el nombre de Maralía, todos sus esfuerzos se encaminan entonces a la construcción de un templo que siempre fue destruido por la acción de los rayos y el sacerdote muere con esta frustración.
La historia del siglo XX se ve entonces engrandecida con el nacimiento y las obras de grandes personajes cultores de El Peñol, entre quienes figuran: El Doctor Mauro Hoyos Giraldo (Médico), el escultor Alonso Montoya Giraldo, el Doctor Rafael Rivera López (Médico), el orador Jesús Antonio Franco, el Doctor Arturo Zuluaga Marín, el Presbítero Bernardo Montoya Giraldo, la socióloga Alicia Esther Giraldo y otras preclaras personalidades que dieron gloria al entonces Viejo Peñol.
Historia reciente:
Etapa de inundación, Viejo Peñol
El auge industrial de Medellín y del Valle de Aburrá hizo que desde 1.926 se colocaran las expectativas de suministro de energía en la cuenca del Río Nare, mediante la construcción de un embalse hidroeléctrico; en este río se observaban tres condiciones de singular importancia: es de trayecto relativamente corto, caudaloso y su cuenca es muy lluviosa. En 1.957 se hicieron los estudios definitivos y en enero de 1.961 se le informó oficialmente a la comunidad de El Peñol; que su área urbana y algunas de sus veredas serían inundadas.
Inicialmente hubo escepticismo ante esta noticia; nadie creía en la magnitud de la obra y el mismo Ministro de Fomento llegó a manifestarle a una comisión que lo visitó que ni embargando por 10 años el presupuesto del país se podría realizar tal proyecto. No así, las Empresas Públicas comenzaron a adquirir tierras para la construcción del llamado dique de Santa Rita y se requirió ingresar a la región enormes máquinas que en carros remolques debían hacer su obligatorio tránsito por las estrechas calles de las poblaciones de El Peñol y Guatapé.
Tan descomunales gigantes de hierro obviamente afectaron las viviendas que encontraban a su paso: aleros de techos, esquinas, andenes y vías enteras fueron destruidas para dar paso a éstas. Este hecho hizo estallar todo un movimiento social de hondas repercusiones en pro de la reivindicación de los derechos de los habitantes de estas poblaciones.
Se nombró un Comité Pro Defensa de los intereses de El Peñol y se hicieron todo tipo de denuncias y protestas por medio de mítines, manifestaciones y paros cívicos por los atropellos de las Empresas Públicas de Medellín, entidad ejecutora de las obras. En buena hora todo este movimiento fue bien recogido por la Iglesia, quien desde su doctrina social y al Encíclica Populorum Progresium (escrita por el Papa Paulo VI) lideró un importante trabajo pastoral para exigir justicia, pues ya se planteaban alternativas de izquierda y de otras tendencias para solucionar este conflicto.
Las Empresas Públicas sólo proponían comprar las propiedades para inundar El Peñol. El 12 de abril de 1.969 se logró la firma de un Contrato Maestro, documento único en su género y sin antecedentes jurídicos, por el cual la comunidad reclamaba su derecho a poblar un territorio y a tener una identidad propia.
En este documento de 95 puntos, se plantearon las aspiraciones y las necesidades de las partes; la comunidad se comprometió a salir de la vieja cabecera urbana y las Empresas a construir un nuevo pueblo con toda la infraestructura urbana necesaria. La primera etapa del embalse se inició en 1.972 e inundó las vegas más fértiles del municipio sin que se hubieran adquirido tales inmuebles a los campesinos, las protestas continuaron las obras avanzaban y la comunidad se desesperaba porque no se veían los inicios de la construcción del Nuevo Peñol.
Las casas que se iban adquiriendo en el área urbana por parte de la Empresas Públicas eran demolidas y el pueblo comenzaba a mostrar un panorama desolador y triste. Tal circunstancia provocó una reacción tal entre la comunidad que se llegó a solicitar una verificación por parte del Banco Mundial, quien financiaba la obra. Debido al incumplimiento de este contrato y los atropellos contra la población, ya que se utilizó el procedimiento de la expropiación por vía administrativa.
El Banco hizo sus reparos contra las Empresas Públicas y se comenzó a construir el Nuevo Peñol. En 1.975 se comenzaron a hacer las correspondientes explanaciones en las veredas Guamito -Horizontes por parte de la firma CONCÍVIILES Cerca de 70 nuevas familias llegaron a integrarse a la comunidad para los nuevos trabajos: topógrafos, arquitectos, ingenieros maquinistas y otros técnicos hacían parte de este nuevo panorama de la vida social de los años setenta. En 1.978 se trasladan las primeras familias y antes que ellas los difuntos: 1.156 cadáveres fueron llevados al nuevo cementerio por parte de la Parroquia; por esos días el periódico El Colombiano tituló: “En EL Peñol: Empresas Públicas trasladó los vivos y la Parroquia Trasladó a los muertos”. La primera Institución trasladada al Nuevo Peñol fue el Colegio y su Escuela.
El éxodo del Viejo Peñol duró un año. Entre mayo de 1.978 y abril de 1.979 la población se trasladaba de uno a otro sitio a hacer el mercado, a asistir a los oficios religiosos, a trabajar o a buscar su hogar. Desde principios de 1.979 El Viejo Peñol ya parecía un pueblo bombardeado y sólo el frontis del templo aparecía como testigo mudo de todos esos sucesos: las aguas iban ganando en ascenso y estas imágines suscitaron todo tipo de reflexiones por parte de los medios de comunicación. El periódico El Espectador titulaba por aquellos días:”Hiroshima Paisa: El Peñol se prepara a morir”. Por un acto de ira del entonces Gerente de las Empresas Públicas de Medellín: Diego Calle Restrepo, se dinamitó el frontis del templo, circunstancia que es tristemente recordada por la comunidad, ante los ojos de todos, aquel espacio donde se desarrollaron más de 300 años de historia, se vio convertido en un gran embalse, con el que finalmente las Empresas Públicas pudieron triplicar su capacidad generadora de energía y suplir la demanda industrial , no sólo de Antioquia sino de todo el país.
Panorámica Nuevo Peñol, año 2021
Es de anotar además que el
Municipio de Guatapé vio inundar su barrio más antiguo, llamado La
Aldea. Luego de este embalse se construyeron los de San Lorenzo en
Alejandría, Playas en San Rafael, Punchiná y Calderas en San Carlos y
Tafetanes en Granada, los que ahora trabajan interconectados para
generar el 30% de la energía que consume el país. El Peñol escribe ahora
un nuevo capítulo de su larga historia, sin olvidar la memoria de sus
hijos y gestores de esta epopeya; entre otros los Presbíteros Francisco
Ocampo Aristizábal, Oscar Ángel Bernal, Héctor Leonel Salazar, Oscar
Chalarca Giraldo, Adolfo Duque, Alberto Henao y Monseñor Ignacio Gómez
Aristizábal, el Doctor Juan Fernando Mesa Villa, los señores Antonio
Hoyos, Humberto Giraldo, Alirio Díaz, Arsenio Serna, Carlos Morales y
todos los concejales de aquella época tan dura e incierta.
Desde la Vereda Santa Ana, panorámica Embalse Peñol -Guatapé, año 2021
